تأسست مؤسسة الكوثر لتخصصات العلوم الدينية في عام 2010 مع وصول كوكبة من خريجي جامعة الكوثر اسلام آباد الى الحوزة العلمية في النجف الاشرف، بعد اكمال الكفايتين هناك ،للحضور في بحوث الخارج عند اساتذة الحوزة العلمية
فهذه المؤسسة تعد من ثمار جامعة الكوثر اسلام آباد التی أسسها الإمام السید ابو القاسم الخوئی رضوان الله تعالی عليه تحتل هذه الجامعة فی باكستان مكانة علمیة من بین مؤسسات التعلیمیة، وفی هذه الجامعة المباركة مزیج مثالی بین تعلیم الحوزوي و الاكادیمي۔ فحالیا ألحمدالله زهاء خمسین طالب فی طریقهم إلی الدكتوراء۔ والبعض منهم حصلوا علی الدكتوراء، ومحاضر فی الجامعات الحكومیة وغیر الحكومیة۔ وأكثر من سبعین طالب التحقو ا بالحوزة العلمیة النجف الاشرف بعد اكمالهم الكفایتین فی الجامعة نفسها۔
كل ذالك فی ظل مرجعیة الإمام السیستانی دام ظله الوارف وببركة انفاسه المباركة، أطال الله ایام وجوده ذخرا للاسلام وملاذا للمسلمین وكهفا منیعا للمؤمنین۔
مؤسسة الكوثر فی النجف الأشرف تحتضن أكثرمن 106 طالب فی ضمن مدرستین، مدرسة سیدة فاطمة الزهراء سلام الله عليها ومدرسة سیدة خدیجة الكبری سلام الله عليها
